تضمن قانون التصالح فى بعض مخالفات البناء عددًا من الحالات التى لن يشملها القانون، ولن يجرى التصالح عليها، وبالتالى لن تكون خاضعة للقانون وسيتم التعامل معها وفقًا للقوانين المتعلقة بها، وفيما يلى نرصد الحالات التى لن يجرى التصالح عليها:
وتشمل الأعمال التى تخل بالسلامة الإنشائية للبناء، والتعدى على خطوط التنظيم المعتمدة وحقوق الارتفاق المقررة قانوناً والمخالفات الخاصة بالمنشآت ذات الطراز المعمارى المتميز، وفى حالة تجاوز قيود الارتفاع المقررة من سلطة الطيران المدنى أو تجاوز متطلبات شئون الدفاع فى الدولة والبناء على الأراضى المملوكة للدولة، وكذلك البناء على الأراضى الخاضعة لقانون حماية الآثار وحماية نهر النيل، بجانب تغيير الاستخدام للمناطق التى صدر لها مخططات تفصيلية معتمدة من الجهة الإدارية، وأخيراً حالات البناء خارج الأحوزة العمرانية عدا حالات الاستثناء الواردة بالقانون.
