حدد قانون المستشفيات الجامعية الصادر برقم 19 لسنة 2018 تشكيل المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية فى المادة رقم 3 من مواد الإصدار وجاء التشكيل كما يلى:
1- يترأس الوزير المختص بالتعليم أو من يفوضه رئاسة المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية
2- يتولى أمانة المجلس أحد الأساتذة بكلية الطب، منذ ذوى الخبرة في إدارة المستشفيات الجامعية
3- يضم التشكيل أمين المجلس الأعلى للجامعات فى عضويته.
4- المديرين التنفيذين للمستشفيات الجامعية.
5- 7 من أعضاء عمداء كليات القطاع الصحى يعينون لمدة سنتين قابل للتجديد بقرار من الوزير.
